3 trang 4 lượt tải

Báo cáo thực hành Tin sinh học | Tin sinh học | Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội

8

Tài liệu được sưu tầm và soạn thảo dưới dạng file PDF với mục đích hỗ trợ học tập và tham khảo. Nội dung tài liệu được trình bày rõ ràng, dễ tiếp cận, phù hợp cho việc ôn tập và củng cố kiến thức trong quá trình học đại học. Đây sẽ là nguồn tư liệu hữu ích giúp các bạn sinh viên chuẩn bị tốt hơn cho các buổi học, đồng thời mở rộng thêm hiểu biết về môn học. Hy vọng tài liệu này sẽ mang lại nhiều giá trị và hỗ trợ các bạn trong hành trình học tập. Mời bạn đọc cùng tham khảo!

Môn: Tin sinh học (HUS) 10 tài liệu

Trường: Trường Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội 0.9 K tài liệu

Tác giả:

Profile

Mai Nguyệt

1 tuần trước
Tải xuống Chia sẻ Báo cáo
Danh sách Quiz
Tải xuống
/3
Họ và tên: Nguyễn Lê Thùy Dương
MSSV: 20221002
Lớp: Kĩ thuật Sinh học – 02
Mã lớp: 752512
BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH HỌC
Bài 1: Làm quen với dữ liệu chứa trình tự DNA và protein
1, Trình tự protein được cung cấp:
>Unknow_protein
MVSKGEENNMAIIKEFMRFKVRMEGSVNGHEFEIEGEGEGRPYEGFQTAKLKVTKGGPLPFAWDILSPQFTYGSKAY
MYPEDGALKGEIKMRLKLKDGGHYTSEVKTTYKAKKPVQLPGAYIVGIKLDITSHNEDYTIVEQYERAEGRHSTGGM
DELYK
2, Kết quả sử dụng trang web: https://www.bioinformatics.org/sms2/group_protein.html
1 MEKVNEERDA VFEDHIGDRR RSVRSLLEEA FADEMEKTSY DVEVADTPQP HIPIRFRHPP IAGPVHDVFG DAIHDIFQKM
81 MKRGQAVDFC HWVSHLIATE IDEKFSEVAF RDVQYNPDIY VTDSTTEAKK LFNDKIWPAI DKILQQNAET CPILSEKWSG
161 IHVSGDQLKG QRHKQEDRFL AYPNGQYMDR GEDPISVLAV FDGHGGHECS QYAAGHLWET WLEVRKSRDP SDSLEDQLRK
241 SLELLDERMT VRSVKECWKG GSTAVCCAID MDQKLMALAW LGDSPGYVMS NIEFRQLTRG HSPSDEREAR RVEEAGGQLF
321 VIGGELRVNG VLNLTRALGD VPGRPMISNE PETCQVPIES SDYLVLLACD GISDVFNERD LYQLVEAFAN DYPVEDYAEL
401 SRFICTKAIE AGSADNVSVV IGFLRPPQDV WKLMKHESDD EDSDVTDEE
3, Protein tìm được thực hiện chức năng: protein phát hùynh quang
4, Trình tự protein trên so với protein đầu tiên của kết quả Blast có các thông số
như sau:
- Max score: 454
- Total score: 454
- E-value: 1e-160
- Percent identity: 95.67%
- Protein đầu tiên của kết quả Blast là: Hypothetical protein [Pseudomonadati]
- Mã số truy cập (accession number): WP_046072766
- Thực hiện chức năng: Green fluorescent protein
5, Protein
6, So sánh với trình tự protein gốc:
>mOrange
MVSKGEENNMAIIKEFMRFKVRMEGSVNGHEFEIEGEGEGRPYEGFQTAKLKVTKGGPLPFAWDILSPQFTYGSKAY
VKHPADIPDYFKLSFPEGFKWERVMNFEDGGVVTVTQDSSLQDGEFIYKVKLRGTNFPSDGPVMQKKTMGWEASSER
MYPEDGALKGEIKMRLKLKDGGHYTSEVKTTYKAKKPVQLPGAYIVGIKLDITSHNEDYTIVEQYERAEGRHSTGGM
DELYK
7, Kết quả so sánh 2 trình tự:
- Chiều dài trình tự so sánh: 236
- % similarity: 236/236 (100.0%)
- % identity: 236/236 (100.0%)
- Số v? trí gap: 0/236 (0.0%)
- Điểm so sánh (score): 1256.0
Bài 2: Gen sống lâu
1, Protein Sir2 trong Saccharomyces cerevisiae:
- Protein này có mã số truy cập (accession number) là: CAA96447
- Protein thực hiện chức năng: là enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl của
protein/histone phụ thuộc NAD+
- Các vùng chức năng quan trọng của protein được tạo nên bởi các amino acid ở vị
trí:
+ Vị trí liên kết NAD+: 264,266,267,274,275,326,344,345,347,
364,471,476,497,498,512
+ Vị trí liên kết cơ chất: 346,364,443,445,449,475,477
+ Vị trí liên kết Zn: 372,375,396,399
- Để hoạt động, protein này cần các ligand: NAD+, cơ chất, Zn
2, Lưu dữ liệu tham chiếu.
3, Kết quả Blastp với trình tự tham chiếu:
- Có 3 paralog ( Per. Ident trên 30% )
- Các paralog không cùng tên với Sir2
4, Chức năng của các paralog:
- Histone deacetylase HST1: enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl của
protein/histone phụ thuộc NAD+
- Histone deacetylase HST2: enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl của
protein/histone phụ thuộc NAD+
- NAD-dependent histone deacetylase HST4: enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl
của protein/histone phụ thuộc NAD+ trong đó nhóm acetyl từ nhóm epsilon-amino
lysine được chuyển đến phần ADP-ribose của NAD+
5, Kết quả so sánh với các trình tự protein tham chiếu ở ruồi giấm: có ortholog của
Sir2 của S.cerevisian ở ruồi giấm.
6, Kết quả so sánh với các trình tự protein tham chiếu ở người:
- Có ortholog cử Sir2 của S.cerevisiae ở người
- Tên protein: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin
- Có 3 paralog của Sir2 ở người: ( Per. Ident trên 30% )
NAD-dependent protein deacetylase sirtuin 1, 2, 3

Tài liệu khác của Trường Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội

Preview text:

Họ và tên: Nguyễn Lê Thùy Dương MSSV: 20221002
Lớp: Kĩ thuật Sinh học – 02 Mã lớp: 752512
BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH HỌC
Bài 1: Làm quen với dữ liệu chứa trình tự DNA và protein
1, Trình tự protein được cung cấp: >Unknow_protein
MVSKGEENNMAIIKEFMRFKVRMEGSVNGHEFEIEGEGEGRPYEGFQTAKLKVTKGGPLPFAWDILSPQFTYGSKAY
VKHPADIPDYFKLSFPEGFKWERVMNFEDGGVVTVTQDSSLQDGEFIYKVKLRGTNFPSDGPVMQKKTMGWEASSER
MYPEDGALKGEIKMRLKLKDGGHYTSEVKTTYKAKKPVQLPGAYIVGIKLDITSHNEDYTIVEQYERAEGRHSTGGM DELYK
2, Kết quả sử dụng trang web: https://www.bioinformatics.org/sms2/group_protein.html
1 MEKVNEERDA VFEDHIGDRR RSVRSLLEEA FADEMEKTSY DVEVADTPQP HIPIRFRHPP IAGPVHDVFG DAIHDIFQKM
81 MKRGQAVDFC HWVSHLIATE IDEKFSEVAF RDVQYNPDIY VTDSTTEAKK LFNDKIWPAI DKILQQNAET CPILSEKWSG
161 IHVSGDQLKG QRHKQEDRFL AYPNGQYMDR GEDPISVLAV FDGHGGHECS QYAAGHLWET WLEVRKSRDP SDSLEDQLRK
241 SLELLDERMT VRSVKECWKG GSTAVCCAID MDQKLMALAW LGDSPGYVMS NIEFRQLTRG HSPSDEREAR RVEEAGGQLF
321 VIGGELRVNG VLNLTRALGD VPGRPMISNE PETCQVPIES SDYLVLLACD GISDVFNERD LYQLVEAFAN DYPVEDYAEL
401 SRFICTKAIE AGSADNVSVV IGFLRPPQDV WKLMKHESDD EDSDVTDEE
3, Protein tìm được thực hiện chức năng: protein phát hùynh quang
4, Trình tự protein trên so với protein đầu tiên của kết quả Blast có các thông số như sau: - Max score: 454 - Total score: 454 - E-value: 1e-160 - Percent identity: 95.67%
- Protein đầu tiên của kết quả Blast là: Hypothetical protein [Pseudomonadati]
- Mã số truy cập (accession number): WP_046072766
- Thực hiện chức năng: Green fluorescent protein 5, Protein
6, So sánh với trình tự protein gốc: >mOrange
MVSKGEENNMAIIKEFMRFKVRMEGSVNGHEFEIEGEGEGRPYEGFQTAKLKVTKGGPLPFAWDILSPQFTYGSKAY
VKHPADIPDYFKLSFPEGFKWERVMNFEDGGVVTVTQDSSLQDGEFIYKVKLRGTNFPSDGPVMQKKTMGWEASSER
MYPEDGALKGEIKMRLKLKDGGHYTSEVKTTYKAKKPVQLPGAYIVGIKLDITSHNEDYTIVEQYERAEGRHSTGGM DELYK
7, Kết quả so sánh 2 trình tự:
- Chiều dài trình tự so sánh: 236
- % similarity: 236/236 (100.0%) - % identity: 236/236 (100.0%)
- Số v? trí gap: 0/236 (0.0%)
- Điểm so sánh (score): 1256.0 Bài 2: Gen sống lâu
1, Protein Sir2 trong Saccharomyces cerevisiae:
- Protein này có mã số truy cập (accession number) là: CAA96447
- Protein thực hiện chức năng: là enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl của
protein/histone phụ thuộc NAD+
- Các vùng chức năng quan trọng của protein được tạo nên bởi các amino acid ở vị trí:
+ Vị trí liên kết NAD+: 264,266,267,274,275,326,344,345,347, 364,471,476,497,498,512
+ Vị trí liên kết cơ chất: 346,364,443,445,449,475,477
+ Vị trí liên kết Zn: 372,375,396,399
- Để hoạt động, protein này cần các ligand: NAD+, cơ chất, Zn
2, Lưu dữ liệu tham chiếu.
3, Kết quả Blastp với trình tự tham chiếu:
- Có 3 paralog ( Per. Ident trên 30% )
- Các paralog không cùng tên với Sir2
4, Chức năng của các paralog:
- Histone deacetylase HST1: enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl của
protein/histone phụ thuộc NAD+
- Histone deacetylase HST2: enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl của
protein/histone phụ thuộc NAD+
- NAD-dependent histone deacetylase HST4: enzyme xúc tác phản ứng khử acetyl
của protein/histone phụ thuộc NAD+ trong đó nhóm acetyl từ nhóm epsilon-amino
lysine được chuyển đến phần ADP-ribose của NAD+
5, Kết quả so sánh với các trình tự protein tham chiếu ở ruồi giấm: có ortholog của
Sir2 của S.cerevisian ở ruồi giấm.
6, Kết quả so sánh với các trình tự protein tham chiếu ở người:
- Có ortholog cử Sir2 của S.cerevisiae ở người
- Tên protein: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin
- Có 3 paralog của Sir2 ở người: ( Per. Ident trên 30% )
NAD-dependent protein deacetylase sirtuin 1, 2, 3

Tài liệu liên quan: